一、账务处理
案例：A公司为一般纳税人，为施工总承包单位，采取一般计税方法，将其中某专业作业工程分包给B公司，B公司选择一般计税方法。当月，双方经过验工计价，工程量1000万元(含税)，约定A公司通过农民工资专户代发B公司工资500万元，转账支付B公司300万元的工程款，200万元工程款竣工结算后一次性支付。B公司按实际收到的工程款和代发工资合计数800万元为A公司开具增值税专用发票，未收到的工程款，约定收到工程价款后再开具增值税专用发票。
A公司、B公司均适用《企业会计制度》。
1.总包方账务处理：
借：工程施工—分包合同成本933.94万元
应交税费—应交增值税(进项税额)66.06万元[(500+300)÷(1+9%)×9%]
贷：银行存款—通过农民工工资专户代发B公司工资500万元
银行存款—支付B公司工程款300万元
应付账款—B公司200万元
备注：竣工结算时，B公司开具200万元的增值税专用发票
借：应交税费—应交增值税(进项税额)16.51万元[200÷(1+9%)×9%]
贷：工程施工—分包合同成本16.51万元
2.分包方账务处理
对于分包方来说，该业务可以理解为同时发生以下两笔业务。
第一项业务：验工计价确定工程量1000万元
借：应收账款—A公司代发农民工工资500万元
应收账款—A公司200万元
银行存款300万元
贷：工程结算917.43万元
应交税费—应交增值税(销项税额)66.06万元[(500+300)÷(1+9%)×9%]
应交税费—应交增值税(待转销项税额)16.51万元[200÷(1+9%)×9%]
备注：竣工结算后，B公司开具200万元的增值税专用发票
借：应交税费—应交增值税(待转销项税额)16.51万元[200÷(1+9%)×9%]
贷：应交税费—应交增值税(销项税额)16.51万元
第二项业务：计提工资并由总包方代为发放工资500万元
①.计提
借：工程施工—合同成本—人工费500万元
贷：应付职工薪酬—工资500万元
②.发放
借：应付职工薪酬—工资500万元
贷：应收账款—A公司代发农民工工资500万元
二、总包方与分包方代发工资各自所需的相关税前扣除凭据
总包代发分包工资属于特殊业务，双方都不能忽视业务过程中的证据链，务必取得相关的证据材料，证明业务的真实性。
(一)总包方——代发工资实质属于支付分包方的工程款
1.分包方开具的“建筑工程”发票
工资表上的用工单位为分包方，总包方不能依据分包方提供的工资表直接入账，税前扣除必须取得分包方开具的“建筑服务”增值税发票。
如果是纳税义务发生的工程款，分包方需开具带税率的增值税发票;如果不在工程款计量周期内、工程进度款未结算的，或已付清前期工程结算款项的，属于预付工程款，分包单位可开具发票编码为“612”的不征税发票。
注意：取得正式发票时，“备注栏”必须打印“项目所在地的县市(区)和项目的名称”
2.总包代发分包工资的协议
《条例》规定，推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。“推行”意味着不是强制执行，是双方协商一致后的行为，双方需要签订总包代发分包工资协议，明确双方的责任与义务。
3.分包方提供工资表、考勤表
总包代发分包工资，必须由分包方提供农民工工资表、考勤表。
农民工工资表需要明确姓名、身份证号、月工资、实发工资、开户银行及账户等信息。
工资支付表，经农民工本人签字确认后，加盖分包方公章与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
4.分包方提供的用工合同或协议的复印件
为保证分包方提供的工资表上的收款人为分包单位的用工人员，建议总包方向分包方索要用工合同或者相关协议的复印件。
5.代发工资凭证
总包方通过银行代发农民工工资，应取得银行盖章的农民工资发放流水单。
(二)分包方——收取工程价款与支付农民工资两项业务
第一项业务：验工计价确定工程量
1.发票(同上)
2.工程审批单或计量单等
第二项业务：计提工资并由总包方代为发放工资
1.工资表、考勤表(同上)
2.个人所得税申报表或者申报记录
3.总包方提供代发工资凭证(同上)
4.总包代发分包工资的协议(同上)